Gobernador nace como una cortijada y alquería en la época de ocupación árabe de la Península Ibérica, bajo el nombre de "Montarun". Fue éste un periodo de gran prosperidad y desarrollo de estas tierras y sus alrededores, al tratarse de una amplia zona cerealística y por conformarse como una zona estratégica para la defensa del Reino Nazarí. Al final de esta época de zona fronteriza, fue objetivo de las invasiones y operaciones de hostigamiento de los cristianos acuartelados en Cazorla, con el objetivo de sembrar el miedo entre los habitantes de la zona para que no opusieran resistencia cuando se produjese la definitiva ocupación militar. Se trata de episodios que son la antesala de la ocupación cristiana. Fue conquistada por los Reyes Católicos, en su victorioso camino hacia Granada, y a partir de entonces sufrió la presión de los nuevos conquistadores y las consecuencias de la posterior rebelión y expulsión de los moriscos. Tras la reconquista, esta cortijada fue asignada al Gobernador don Francisco de Molina, de cuyo propietario tomaría su nombre hasta hoy. Como en casi todas las cortijadas y lugares del entorno de Gobernador, no se rastrea la existencia de mezquita alguna en la época musulmana. Después de la rebelión de los moriscos, éstos fueron expulsados de la población. Décadas más tarde fue repoblada con colonos de otras regiones y se construyo una iglesia, fundada por el hijo de don Francisco de Molina.
